Bondeholm er den ene af de oprindelige seks holme øst for Strynø der har hørt til bønderne på hovedøen. Den skytte, som ejerne af Strynø, Tranekær, havde udstationeret på Strynø havde ret til at lade sine dyr afgræsse Bondeholm.

I dag er holmen ejet af to personer bosat udenfor Øhavet. Øen bruges ikke til noget længere. Kun et lille regnskjul og et vandingshul minder om afgræsning i tidligere tid. Den lave strandengsø er opstået gennem havaflejringer. Kysten er fyldt med sten, især på vestsiden. Mod syd er en lille sandodde.

Frem til 1978 levede kaniner på øen. De var udsat.

Ellers er det ynglende edderfugle (i 2005 - 2007 ynglede her 150 par) og sølvmåger der dominerer fuglefaunaen. Nogle gange kan en gråand, spidsand eller skeand yngle i græsset.

Holmen rummer en flora af stor botanisk betydning: Kveller, sandkryb, strandgåsefod, strandkarse, strandmalurt og tangurt.

I forbindelse med optagelse af afgræsning på de holme, der ligger nær Strynø er det tanken - fra 2004 - at lade Bondeholm forblive uafgræsset, så det bliver muligt at sammenligne med afgræsningens virkninger på de øvrige holme.

En række gule afmærkninger i vandet og på øerne drejer sig alene om regulering af jagt og surfing, ikke anden sejlads